Tuy{nl}nhiên, do việc bảo vệ hồ thời gian gân đây được tiến hành tương đối{nl}chặt chẽ hơn nên vấn đề này không còn quá nghiêm trọng như trước kia.{nl}Một nguyên nhân nữa cũng khiến các nhà khoa học ở Việt Nam nêu ý kiến{nl}về việc cho nạo vét hồ vì lớp trầm tích đáy hồ có rất nhiều chất hữu cơ{nl}như rác, lá cây rụng, xác động vật chết. Khi các lớp này phân hủy nhiều{nl}thì sẽ lấy đi oxygen của tầng đáy hồ khiến môi trường đáy thiếu oxygen,{nl}tạo môi trường cho vi khuẩn xuất hiện. Vi khuẩn này tạo khí methane và{nl}khí hydro sunfur có mùi hôi thối. Ðây cũng chính là vấn đề mà một số hồ{nl}ở Hà Nội đang gặp phải. Do đó theo các nhà khoa học, việc nạo vét hồ{nl}Gươm mặc dù là cần thiết nhưng bất cứ phương pháp nào cũng cần phải{nl}được xem xét kỹ lưỡng để bảo đảm vẫn giữ được chủng tảo lục tạo màu{nl}xanh đặc hữu của hồ và đặc biệt là rùa hồ Gươm.